동서의학연구소는 지난 2008년 4월 11일 세계보건기구 전통의학 연구협력센터(WHO Collaborating Centre for Traditional Medicine)로 재지정되었다.
이번 지정기간은 2012년 4월 11일까지 4년간이며, 1988년 4월 최초 지정된 이래 연속 5회 재지정된 것이다.
WHO 산하에는 서태평양, 아메리카, 유럽, 중동, 남동아시아, 아프리카 등 6개 지역본부가 있으며, 우리나라는 중국, 일본, 호주 등 37개국과 함께 서태평양지역본부에 속해 있다.
서태평양지역에는 총 194개의 WHO 연구협력센터가 있고 이중 전통의학분야에서 국내 기관으로는 동서의학연구소와 서울대 천연물과학연구소 2개 기관이 있다.
동서의학연구소가 WHO로부터 위임받은 임무는 다음과 같다.
1. 실행가능하고 통합된 의료 시스템을 발전시키려는 시각으로, 동양의학과 서양의학의 현존하는 이원적 의료 시스템을 단일화시키는 최선의 방법을 연구하는데 있어서 WHO와 공동 협력하는 것
2. 한의학의 근거중심 의학으로의 연구를 강화하고 활성화 하는 것
3. 한의학의 적절한 교육적인 표준을 확립하는 것
4. 한의학학의 국가정책 개발을 위해 국가보건기관을 지원하는 것
5. WHO-IST 제정 기념 국제 심포지엄을 지속적으로 개최하며, 서태평양지역 WHO 국제 표준 전문용어(WHO-IST)의 국내 및 국제 보급활등을 강화하는 것
6. 비공식 회의를 개최하여 WHO에 의해 발전되어 오고 있는 동아시아 전통의학(ICTM-EA)의 국제 분류에 대해 국제적 협력을 지역적으로 적용, 강화하는 것
7. WHO에 의해 발간되는 혈위 표준안을 기반으로 교재 및 실습서를 개발하는 것
8. 동물침실험 처치 보고에 대한 표준안을 제정하고 발전시키기 위한 국제전문 회의를 개최하는 것